De huidige kerk dateert van 1899 en kwam in de plaats van een kleinere houten schuilkerk. De Doopsgezinde Gemeente die in Noord-Holland al sedert de 16e eeuw goed vertegenwoordigd was (bijna de helft van Middelie en Axwijk was Doopsgezind) besloot in 1899 een nieuwe kerk, ook wel vermaning genoemd, te bouwen.
De bouw werd mede mogelijk gemaakt door een ferme schenking van broeder J.D. Bark in de vorm van land en geld. Daar tegenover stond en staat dat er nooit huizen op deze plaats zouden worden gebouwd en dat de kerk (ontworpen door architect J.H. Lehman) bij verval moet worden herbouwd.
Sinds 1981 zijn beheer en exploitatie van Het Kerkje overgedragen aan SKM. SKM houdt de vermaning in stand met (culturele) evenementen en bijzondere gelegenheden die toegankelijk zijn voor iedereen. Evenementen als steenwerpen, concerten en Kerstvieringen zijn slechts een kleine greep uit de agenda.
In 1997 is Het Kerkje aangewezen als Rijksmonument en doet het ook dienst als trouw- en uitvaartlocatie en kan worden verhuurd voor exposities en andere activiteiten.
Website: kerkjevanmiddelie.info
E-mail: info@kerkjevanmiddelie.info